A Pininfarina e a Peugeot têm trabalhado em conjunto desde 1951. Inicialmente só efectuando trabalho de design a Pininfarina passou também a construir nos anos 60 as carroçarias, sendo estas enviadas para França para que fossem montados os motores e interiores. Com o 406 Coupé foi diferente e ficou a cargo da unidade fabril de Turim a construcção, assemblagem e testes de qualidade. Este foi um modelo desenvolvido fora de França, com a excepção dos motores que apenas eram montados em Turim.

O processo de fabrico do 406 Coupé incluia toda a montagem, a carroçaria em primário branco, sendo a pintura feita nas instalações de Grugliasco. A Pininfarina deu o máximo no desenvolvimento e no teste deste automóvel, com várias verificações mecanicas (do qual a carroceria era inspecionada a 100%) e humanas para garantir níveis de qualidade acima da média para um coupé de luxo para um mercado bastante selecto e exigente.

Em Junho de 2003 saiu da linha de montagem de San Giorgio Canavese (Turim) a unidade 100.000. Em 2004, após terem sido vendidas cerca de 102.890 unidades a sua produção terminou.