Em 1997, altura da comercialização do 406 Coupé, apenas duas versões estavam disponíveis a gasolina, o motor 2.0 de 135cv e 180Nm e o motor V6 de 194cv e 267Nm. Na versão 2.0 existiu a versão Pack com os bancos eléctricos com memória e aquecidos, espelhos com recolha electrónica, sistema de som JBL de 8 colunas e amplificador e super-trancamento à distancia. Este equipamento era base no modelo V6.

A meio de 1999 as versões foram alteradas do D8 para o D9, alterando assim a disposição da consola central e o sistema de som passando os rádios de Philips para Clarion, mas só em 2000 é que passaram a vir equipados com os novos motores 2.0 de 137cv e 190Nm e o motor V6 de 210cv e 285Nm graças a uma abertura de válvulas variável. Foi também adicionada a motorização 2.2 HDi de 136cv e 310Nm, considerada pela critica automóvel como a motorização mais estranha do 406 Coupé.

Em 2001 a motorização 2.0 a gasolina foi substituida por um novo motor 2.2 com 160cv e 217Nm.

Existiu ainda a versão Settant'anni, uma série especial limitada e numerada que celebrava os 70 anos da Pininfarina. Mais tarde apareceu também a Ultima Edizione que serviu para terminar as vendas do 406 Coupé.